És Científic Titular de l'Institut de Ciències del Mar de Barcelona , que pertany al Consell Superior d'Investigacions Científiques, des de l'any 2005. La seva recerca gira al voltant de l'estudi dels microorganismes marins des d'una vessant ecològica: entendre quants n'hi ha (abundància i biomassa), qui són (diversitat) i com interaccionen entre ells (interaccions tròfiques). Des de fa més de 10 anys aplica tècniques moleculars, basades en seqüències de DNA extretes directament de les comunitats naturals, per a estudiar la diversitat microbiana i assignar una funció ecològica a cada grup identificat. Ha treballat en els tres grans dominis (bacteris, arquees i protistes), i darrerament s'ha especialitzat en els protistes heterotròfics més petits, els principals depredadors de bacteris i essencials en la regeneració de nutrients. Ha participat en forces campanyes oceanogràfiques i ha presentat la seva recerca en nombrosos congressos científics i en articles publicats en revistes internacionals.